Фамилия Каипов образована от мужского имени Каип. Само имя имеет несколько версий происхождения, и самая распространённая связывает его с арабским словом «гайб» (gaip), что означает «отсутствующий, невидимый» или «скрытый от глаз». В исламской традиции это слово также относится к сокровенному, неподвластному человеческому восприятию — тому, что ведомо только Всевышнему. Такой смысл придавал имени особый оттенок: его могли дать ребёнку в знак того, что судьба его сокрыта, или как пожелание оставаться незаметным для недобрых сил.

Известно, что имя Каип носил казахский хан, правивший в 1710–1718 годах. Это историческое лицо — хан Каип (Гаип-хан), один из потомков Чингисхана, возглавлявший часть казахских родов. Его правление пришлось на сложный период борьбы с джунгарами. Однако фамилия Каипов не обязательно связана с этой знатной фигурой: гораздо чаще она образовывалась от личного имени родоначальника, как и большинство русских и тюркских фамилий на -ов.

С точки зрения словообразования, фамилия построена по типичной для русского и тюрко-русского пограничья модели: к основе Каип- добавили патронимический суффикс -ов. Такая форма означает «сын Каипа» или «принадлежащий Каипу». Встречается фамилия в основном среди татар, башкир, казахов, а также у представителей других народов Поволжья и Урала, где исламские имена органично вписались в местную ономастику.

Интересно, что в русских документах XVII–XVIII веков имя Каип фиксировалось в разных написаниях: Гаип, Каип, Гайп. Отсюда же пошли однокоренные фамилии Гаипов, Гайпов, Каипов. Разница в первой букве (Г или К) часто связана с диалектным произношением: в тюркских языках звук на стыке «г» и «к» мог слышаться по-разному, а при записи в церковных или ясачных книгах писцы передавали его на слух. Поэтому не стоит удивляться, если в одной семье в старых ревизских сказках встречаются оба варианта.