Фамилия Канипов — редкий пример, где угадывается тюркское происхождение, но с русским суффиксом. Основа «Канип» восходит к арабскому имени Канип (или Ганип), которое в свою очередь связано с арабским «гани» — богатый, состоятельный, иногда «довольный». В татарской, башкирской и казахской среде это имя встречалось как вариант имени Гани, с добавлением -п под влиянием местных диалектов. Суффикс -ов указывает на то, что фамилию русифицировали при переписях или при переходе в православие: вместо отчества «Канип улы» (сын Канипа) записали «Канипов».

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью — территориям бывшей Казанской и Уфимской губерний. Вероятные предки — татары или башкиры, принявшие крещение и получившие фамилию по имени отца. Встречается также вариант «Канифов» (с заменой «п» на «ф»), что характерно для окающих говоров или поздней канцелярской ошибки.

Интересная деталь: в некоторых записях XIX века фигурирует «Канип» как прозвище, а не имя. У тюркских народов «канип» могло означать «сборщик подати» или «человек, умеющий договариваться» — от глагола «кану» (удовлетворяться, соглашаться). Но это лишь гипотеза: письменных свидетельств, что фамилия пошла именно от прозвища, а не от личного имени, нет.

Словообразовательная модель проста: корень «Канип» + патронимический суффикс -ов. Это значит, что первый носитель фамилии был сыном человека по имени Канип. В отличие от фамилий на -ин (от основ на -а/-я), здесь мужская основа на твёрдый согласный, поэтому -ов, а не -ин. Споров среди ономастов нет: все сходятся на тюркском происхождении основы и русском оформлении.