Фамилия Каипкулов — редкий пример, где в основе лежит не славянское, а тюркское именование, причём составное. Её носители, скорее всего, происходят из среды татар, башкир или казахов, где была распространена модель образования фамилий от арабских имён, прошедших через тюркскую языковую среду.

Разберём имя-основу. «Каип» (варианты: Каиб, Гаип) — это арабское имя, означающее «скрытый», «невидимый», «отсутствующий». В исламской традиции это один из эпитетов, указывающих на сокрытость божественной сути. Вторая часть, «кул», с тюркских языков переводится как «раб», «слуга». В составе сложных имён она образует форму «раб такого-то» (например, Аллакулов — раб Аллаха). Таким образом, Каипкул буквально означает «раб Скрытого», то есть «раб Божий», что является прямым аналогом арабского имени Абдулла (Абдуллах) — «раб Аллаха». Это типичное для мусульманского мира теофорное имя, подчёркивающее смирение перед Всевышним.

Фамилия образована по русской модели: к тюркскому имени Каипкул прибавили типичный русский патронимический суффикс -ов. Получилось «сын Каипкула». Такая схема — тюркское имя + русский суффикс — характерна для фамилий поволжских татар и башкир, которые в XIX–XX веках при переходе к паспортной системе часто получали фамилии именно в такой форме.

Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Татарстану, реже встречается у казахов. В дореволюционных документах можно встретить вариацию Каипкулин — с другим суффиксом, но «Каипкулов» закрепился как основной вариант. В отличие от более частых фамилий вроде Абдуллов или Гайфуллин, Каипкулов сохраняет редкую двойную основу, что делает её своеобразным маркером: предки носителя, вероятно, были людьми верующими, а имя давали по строгой исламской традиции, избегая прямого именования Всевышнего.