Фамилия Казаханова — женская форма от Казаханов, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель «-ов» указывает на русскую патронимическую традицию: так образовывали фамилии от имён, прозвищ или названий профессий отца. В основе лежит слово «казах» — но не в современном этническом смысле, а в более старом, тюркском значении: «вольный человек», «скиталец», «удалец». В тюркских языках «казак» (qazaq) означало человека, отбившегося от рода, живущего набегами и промыслом, — это слово позже закрепилось за казахами как народом, но в XV–XVII веках бытовало шире.

Вероятнее всего, прозвище Казахан дали человеку, который вёл себя независимо, не сидел на одном месте или имел отношение к казахским степям — например, торговцу, погонщику скота или беглому крестьянину, ушедшему в «казаки». Суффикс «-ан» в прозвище (Казах-ан) — характерная тюркская деталь, часто означающая усиление или принадлежность: «Казахан» можно прочитать как «настоящий казах» или «сродни казаху». Такие формы встречаются в южнорусских и поволжских областях, где контакт с тюркским населением был плотным.

Фамилия редкая, и её география, скорее всего, связана с регионами смешанного проживания: Нижнее Поволжье, Урал, Оренбуржье, Северный Кавказ. Там тюркские прозвища легко входили в русскую фамильную систему через крестьян или казаков. В отличие от фамилий на «-ский», которые часто указывали на дворянское или церковное происхождение, «Казаханов» — типичная «низовая» фамилия: её носили люди, получившие прозвище по образу жизни или занятию, а не по наследственному титулу.

Стоит упомянуть и альтернативную, менее вероятную версию: что в основе лежит арабское имя Казах (редкое, от «касим» — распределяющий), но оно не даёт объяснения суффиксу «-ан». Прозвищная тюркская версия выглядит убедительнее — она опирается и на семантику, и на словообразовательную логику, и на исторический контекст контактов русских с кочевыми народами.