Фамилия Кеберис звучит нехарактерно для русской ономастики — в ней нет типичных суффиксов -ов, -ин или -ский, а окончание -ис указывает на иноязычное происхождение. Скорее всего, это литовская или латышская фамилия, адаптированная при записи в русских документах. В балтийских языках фамилии на -ис, -ус, -ас — обычное дело, и Кеберис может быть вариантом литовской фамилии Kėberis или латышской Ķeberis.

Основа фамилии — корень keb-, который в балтийских языках встречается в нескольких значениях. В литовском языке слово kėberis означает «плетень», «плетёная изгородь» или «корзина», а также может относиться к растению — «козлобородник». В латышском ķebers — «коротышка», «невысокий человек», а в диалектах — «кривой», «изогнутый». Таким образом, прозвище Кеберис могли дать либо плетельщику корзин, либо человеку невысокого роста, либо тому, кто ходил согнувшись.

На территорию Российской империи фамилия попала, вероятно, из Литвы или Латгалии — исторической области на стыке Латвии и России. Носители Кеберис могли быть крестьянами или ремесленниками, переехавшими в русские губернии в XIX веке. Встречается фамилия и в современной Литве, где существует деревня Кеберяй, что подтверждает топонимическую связь.

Редкость фамилии объясняется её узкой региональной привязкой — она почти не вышла за пределы балтийского ареала. В русском контексте окончание -ис не склоняется по падежам, что иногда создаёт трудности при оформлении документов, но сохраняет исходное звучание. Если искать однокоренные варианты, стоит обратить внимание на фамилии Кебер, Кебир, Кеберас — все они восходят к той же основе, но с разными диалектными окончаниями.