Фамилия Кефер чаще всего отталкивается от прозвища, данного по внешности или характеру. В её основе лежит немецкое слово Käfer — «жук, мелкое насекомое». Такое же значение имеет и голландское keffer. Прозвище могли дать человеку невысокого роста — по ассоциации с маленьким жучком. В то же время жук во многих культурах символизирует упорство и трудолюбие, так что прозвище могло подчёркивать и черты характера.

Фамилия образована по модели, типичной для немецких фамилий: прозвище перешло в фамилию без дополнительных суффиксов, в чистом виде. В русской среде она могла появиться у потомков немецких колонистов или ремесленников, переселившихся в Российскую империю в XVIII–XIX веках. Встречается также вариант написания с одним «ф» — Кефер, что связано с особенностями передачи немецкого ä и f на письме.

Известный носитель фамилии — Луи Кефер (1842–1926), бельгийский скрипач, композитор и музыкальный педагог. Его пример показывает, что фамилия встречается не только в Германии, но и во франкоязычных регионах Европы, хотя корень остаётся германским.

Другие возможные, но менее вероятные версии связывают Кефер с еврейским мужским именем Кефер (от ивритского «деревня») или с тюркским словом «кефер» — «неверный». Однако прямое лексическое совпадение с названием насекомого и широкая распространённость немецкой модели делают первую версию основной.