Фамилия Кекерчень — редкий случай, когда мы почти наверняка видим не русскую, а молдавскую или румынскую основу. В русском языке такая модель образования фамилий (на -ень) нехарактерна: исконные русские фамилии обычно заканчиваются на -ов, -ин, -ский или -их. Суффикс -ень в фамилиях типичен для восточнороманского ареала, где он указывает на принадлежность или происхождение (как в фамилиях Кодряну, Крянгэ). Поэтому Кекерчень — это, скорее всего, румынизированная или молдавская фамилия, записанная кириллицей.

Основа «кекер» — тёмная и не имеет очевидных славянских корней. Наиболее вероятная версия отсылает к румынскому слову «căcărează» (или диалектному варианту) — так в некоторых регионах называют вид ястреба или коршуна. Прозвище Кекер мог получить человек, чем-то напоминавший хищную птицу: острым взглядом, характером или даже профессией, связанной с охотой. Менее правдоподобно связывать фамилию с тюркскими языками (например, «кекер» в значении «гордый» или «синий»), так как суффикс -ень не вписывается в тюркскую модель.

Географически фамилия Кекерчень, судя по современным данным, встречается в основном в Молдове и на юго-западе Украины (Одесская область, Приднестровье). Это указывает на то, что предки носителей фамилии жили в зоне смешения молдавского и украинского населения. Записанная кириллицей, фамилия могла сохранить исходное румынское звучание или немного измениться под влиянием местных говоров.

Если версия с птицей верна, то предки Кекерчень были людьми с заметной внешностью или характером — возможно, охотниками или пастухами, которым дали прозвище за сходство с ястребом. В любом случае, фамилия остаётся редкой и локальной, и её носители, скорее всего, происходят из одного небольшого региона.