Фамилия Кекерчинь — один из тех редких случаев, когда написание почти полностью сохраняет звучание исходного прозвища, а суффикс указывает на конкретную этническую среду. В отличие от привычных русских фамилий на -ов, -ев или -ин, здесь мы видим формант -инь, который в русской ономастике почти не встречается, зато характерен для фамилий, возникших в польско-белорусском или украинском пограничье. В польском языке суффикс -iń (в русской записи -инь) часто образует фамилии от прозвищ и названий профессий, указывая на принадлежность или характерный признак. Таким образом, Кекерчинь — это фамилия, скорее всего, западнорусского или польского происхождения, адаптированная к кириллическому письму.

Основа фамилии — «кекерч» — звучит как прямая транслитерация или русификация польского слова keker. В польских диалектах и просторечии «keker» означало либо «заика», либо «тот, кто говорит невнятно, бормочет». В некоторых говорах так называли человека с дефектом речи — картавого или шепелявого. Вторая версия, менее вероятная, но допустимая, связывает основу с немецким Kекег (священник, пастор) — через посредничество польского языка. В таком случае прозвище Кекер мог получить сын священника или человек, служивший при костёле. Однако для фамилии Кекерчинь первая версия — от прозвища по речевой особенности — выглядит убедительнее, потому что суффикс -инь в польской модели чаще присоединяется к прозвищам, а не к названиям профессий.

Если смотреть шире, фамилия Кекерчинь стоит в одном ряду с такими однокоренными, как Кекер, Кекерев, Кекерский. Но её отличие — в суффиксе, который не просто передаёт принадлежность («чей?»), а указывает на происхождение носителя из определённой местности или этнической группы. В документах XIX — начала XX века подобные фамилии чаще всего фиксировались среди мещан и крестьян западных губерний Российской империи — Виленской, Гродненской, Минской. Встречаемость фамилии крайне низкая, что говорит либо о единичном прозвище, закрепившемся за одной семьёй, либо о сильной локальной привязке к одному селу или местечку.

Географически фамилия могла попасть в русское письмо через польскую запись Kekerciń, где мягкий знак на конце — это попытка передать польское носовое или смягчённое произношение. Со временем в русских метриках и переписях написание закрепилось как Кекерчинь, без вариантов. Фамилия не переводится на русский язык смысловым способом — её можно только объяснить через прозвище предка, который, судя по всему, говорил нечисто, с запинкой или картаво, и это стало его отличительным признаком, перешедшим в фамилию.