Фамилия Кеклис — из числа тех, что не сразу раскрывают своё значение. Первое, что бросается в глаза, — суффикс -ис. В русской среде он нетипичен: это характерный литовский патронимический суффикс, указывающий на происхождение от человека по имени или прозвищу. Поэтому корни фамилии Кеклис нужно искать не в славянских, а в балтийских языках.

В основе фамилии лежит либо имя, либо прозвище Кекле. Если отталкиваться от литовского слова kekele (кисточка, веточка), то имя могло быть ласковым, домашним — так родители называли маленького ребёнка. Вторая версия более прозаична: она связывает прозвище с глаголом keikti — ругать, бранить, кричать. Тогда Кекле — человек с громким голосом или вспыльчивым характером. Обе гипотезы лингвистически состоятельны, но вторая объясняет, почему прозвище могло закрепиться за взрослым человеком и перейти к потомкам.

С точки зрения словообразовательной модели, фамилия Кеклис устроена просто: основа Kekl- (от Kekle с редуцированной конечной гласной) плюс литовский суффикс принадлежности -is. В русской передаче окончание превратилось в привычное -ис, но по сути это чистая балтийская фамилия, а не русифицированная форма.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически жили литовцы или где было сильное литовское влияние — прежде всего, к западным и северо-западным губерниям Российской империи (Ковенская, Виленская, Сувалкская). Встречается она и в современной Литве, и среди потомков литовских переселенцев.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Кеклас, Кеклаускас, Кеклевичюс — показывает, что Кеклис стоит в ряду типичных литовских фамилий на -ис, которые в XIX веке при переписях часто записывали с русскими окончаниями. Сама фамилия редкая; в массовых справочниках по русским фамилиям она не упоминается, что подтверждает её узкую региональную и этническую привязку.