Фамилия Кекис — редкий пример балтийского влияния на русский ономастикон. Её основа почти наверняка восходит к литовскому языку, а не к славянским корням. Главная версия связывает прозвище Кекис со словом kekė — «кисть, гроздь». В таком случае перед нами не просто образное прозвище, а указание на род занятий: Кекисом могли назвать садовода или виноградаря, человека, который выращивал и продавал плоды, собранные в грозди. Модель образования типична для литовских прозвищ: основа kek- плюс суффикс -is, который в русской передаче превратился в -ис.

Есть и вторая, менее вероятная гипотеза. Она выводит прозвище от литовского глагола keikti — «ругать, проклинать». Если принять эту версию, то Кекис — это человек с резким языком, склонный к бранным словам. Однако в пользу первой версии говорит то, что прозвища от названий растений и плодов встречаются у балтов гораздо чаще, чем прозвища от глаголов речи.

Сама фамилия Кекис — это застывшая форма исходного прозвища, то есть она не получила типичных русских суффиксов -ов, -ев, -ин. Такое «голое» оформление характерно для фамилий, которые вошли в русский обиход из польского, белорусского или литовского языка через канцелярскую запись, без дополнительной русификации. Географически фамилия тяготеет к западным областям России, особенно к территориям, граничащим с Литвой и Беларусью. Встретить её можно и в Смоленской, и в Псковской областях, а также среди потомков переселенцев из этих регионов.

Таким образом, предки носителей фамилии Кекис — скорее всего, литовцы или выходцы из балто-славянского пограничья, которые получили прозвище либо по профессии (садовод), либо, реже, по черте характера (бранчливый человек). Фамилия сохранила свою исходную форму без изменений, что делает её ценным маркером для историков и генеалогов, изучающих миграцию и культурное смешение на западе России.