Фамилия Кекуатова — редкий случай, когда в основе лежит не славянское имя или прозвище, а, скорее всего, тюркское слово. Разбирать её стоит не с корня, а с суффикса: -ова указывает на принадлежность (чьих будете?), а значит, перед нами женская форма фамилии Кекуатов. Мужская версия, Кекуатов, образована по стандартной для русских фамилий модели от прозвища или имени Кекуат.

Самая правдоподобная версия происхождения основы — от тюркского «кек» (месть, злопамятность, обида) или «кёк» (голубой, синий, небесный). В разных тюркских языках звучание близкое, но смыслы различаются. Если исходить из «кек», то прозвище Кекуат могло означать «мстительный», «помнящий обиду» — так могли назвать человека с тяжёлым нравом. Если же основа восходит к «кёк» (синий, небесный), то прозвище могло быть связано с цветом глаз, одежды или даже с эпитетом «небесный» в переносном смысле.

Вторая часть — «уат» — может быть тюркским именем или прозвищем, либо уменьшительно-усилительным суффиксом. Встречаются тюркские имена с элементом «уат» или «ват», означающим «сила», «мощь», но для фамилии Кекуатова это скорее всего часть полного прозвища, которое со временем слилось. Есть и версия о связи с арабским именем Кекват (редкая форма), но она менее убедительна — фамилия явно тяготеет к тюркской ономастике Поволжья, Урала или Северного Кавказа.

Географически фамилия встречается в Татарстане, Башкортостане, среди казанских татар и башкир, а также в среде ногайцев. В русских летописях и боярских книгах она не зафиксирована — это поздняя фамилия, которая оформилась уже после вхождения тюркских народов в состав Российского государства. Предки Кекуатовых, скорее всего, были крестьянами или служилыми людьми из тюркской среды, получившими фамилию по прозвищу своего родоначальника в XVIII–XIX веках.

Отдельно стоит сказать, что фамилия не имеет отношения к кавказским кеквам (обезьянам) или чему-то подобному — это ложная этимология, которая возникает из-за созвучия. Никаких данных о связи с животным миром в ономастике нет.