Фамилия Келипченко — не самая распространённая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить суффикс -енко и посмотреть на основу «Келипч-». Эта модель (основа + -енко) типична для украинской и южнорусской антропонимии и обычно указывает на потомка человека, чьё прозвище или имя легло в основу.

Самый вероятный источник — прозвище Келип или Келипа. В южнорусских и украинских говорах «келип» (или «калип») могло быть искажённой формой слова «калека» или относиться к человеку с физическим недостатком, например, хромому или горбатому. Это не оскорбление в современном смысле, а бытовая характеристика, которая закреплялась за человеком и переходила к его детям.

Есть и более редкая, но правдоподобная версия, связанная с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «келип» означает «пришедший», «прибывший». Так могли прозвать пришлого человека, переселенца, который появился в селе «отовсюду». На юге России и Украины, в зоне активных контактов с тюркскими народами (крымские татары, ногайцы), такие прозвища не редкость. Версия с «калекой» всё же более прямая и вероятная для славянской среды.

Суффикс -енко (уменьшительно-патронимический) говорит о том, что фамилия сформировалась в среде украинского казачества или крестьянства, скорее всего, в XVII–XVIII веках. Первые носители, вероятно, жили на территории современной Черкасской, Полтавской или Киевской областей — это зона активного бытования фамилий на -енко.

Что касается написания: начальное «Ке-» вместо более ожидаемого «Ка-» (сравните с фамилией Калипченко) — это либо местный диалектный говор (так называемое «яканье» или замена звука), либо ошибка писаря при записи в ревизские сказки. В любом случае, Келипченко — это фамилия-прозвище, которая рассказывает о предке: либо о его физической особенности, либо о том, что он был чужим в этих краях.