Фамилия Килипченко — это типичная украинская или южнорусская фамилия, образованная по патронимической модели с помощью суффикса -енко. Этот суффикс, один из самых распространённых в украинской ономастике, буквально означает «сын» или «потомок». Таким образом, Килипченко — это «сын Килипа». В основе фамилии лежит личное прозвище или неканоническое имя Килип.

Происхождение самого прозвища Килип неоднозначно, и у него есть как минимум две версии, различающиеся по степени правдоподобия.

Первая, наиболее вероятная версия связывает прозвище Килип с нарицательным «келеп». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля слово «келеп» (или «келепец») имеет значения: «трость костылем», «палка с молоточком» или «кистень». Исходя из этого, прозвище могло относиться к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности предка. Человек по прозвищу Килип мог заниматься изготовлением таких палок или костылей. Кроме того, «келеп» — это старинное оружие, разновидность булавы или чекана, поэтому прозвище мог получить воин, использовавший такое оружие. Менее вероятно, но возможно, что прозвище отражало внешность: так могли назвать человека, который при ходьбе опирался на костыль, или же, по народной ассоциации с формой предмета, худощавого человека.

Вторая, более спорная версия возводит прозвище Килип к киргизскому слову «келүү» — «прибытие». Согласно этой гипотезе, прозвище мог получить приезжий, человек из другой местности. Однако такая версия выглядит натянутой: маловероятно, чтобы тюркское слово стало основой для прозвища на украинской или южнорусской почве, где суффикс -енко как раз и указывает на исконно славянскую (украинскую) среду бытования фамилии. Скорее всего, это позднее народное переосмысление непонятного корня.

Итоговая картина такова: фамилия Килипченко зародилась в среде, где было принято называть человека по роду занятий или характерному предмету (в данном случае — «келеп»). Со временем прозвище Килип закрепилось как наследственное имя, а его носителей — детей и потомков — стали называть Килипченко, то есть «принадлежащие роду Килипа». Фамилия не относится к дворянским или аристократическим — это типичное крестьянское или казачье именование, распространённое в центральных и восточных областях Украины.