Фамилия Кенесова — женская форма, а её мужской вариант Кенесов. В основе лежит тюркское имя Кенес, которое в переводе с казахского означает «совет» или «совещание». В дореволюционной Средней Азии и казахских степях так могли назвать мальчика, родившегося в год важного собрания родовой знати, или же это имя давали как пожелание будущей мудрости и умения находить общий язык с людьми.

Модель образования проста: фамилию построили по русскому патронимическому типу, добавив к основе суффикс -ов/-ова. Такой способ был массовым в XIX веке, когда при переписях и в документах Российской империи местному населению присваивали фамилии по имени отца. То есть первоначально Кенесов — это «сын Кенеса», а Кенесова — «дочь или жена Кенеса».

Встречается фамилия преимущественно у народов, говорящих на тюркских языках, особенно среди казахов. В русской среде она редка и почти всегда указывает на смешанные браки или на то, что предки были выходцами из Центральной Азии. В качестве исторического контекста можно вспомнить Кенесары Касымова — последнего хана Среднего жуза, чьё имя образовано от того же корня «кенес». Прямой связи с фамилией Кенесова нет, но это показывает, что слово «совет» было значимым в казахской ономастике.

Других версий происхождения, например от русского диалектного слова, не существует — корень однозначно тюркский. В написании путаницы нет: фамилия пишется через «е», ударение обычно падает на второй слог (Кене́сова), хотя в разных регионах могут ставить ударение на первый или последний слог.