Фамилия Кенисарин звучит нехарактерно для восточнославянской ономастики, и это подсказка: её корни, скорее всего, не в русском, а в тюркском мире. Основа фамилии — имя Кенисары (варианты: Кенесары, Кенисара). Это составное тюркское имя: «кене» (в казахском и родственных языках — «совет», «совещание», а также «широкий», «просторный») и «сары» («жёлтый», «светлый», «рыжий»). В целом имя можно истолковать как «широкий светлый» или «советующий светлый», хотя в народной этимологии его часто связывают с эпитетами лидера.

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ин, который в славянской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Кенисарин, то есть сын или потомок человека по имени Кенисара. Такое оформление типично для фамилий, которые давали представителям нерусских народов при включении в имперскую административную систему — например, казахам, башкирам, татарам, киргизам. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я, что и произошло здесь.

Самый известный носитель этого имени — Кенесары Касымов (1802–1847), последний казахский хан, возглавивший крупное национально-освободительное восстание против Российской империи. Его имя стало нарицательным для целого рода. Поэтому фамилия Кенисарин напрямую указывает на принадлежность к потомкам или сородичам этого исторического деятеля. В казахской среде фамилия могла закрепиться за членами рода торе (чингизидами), к которым принадлежал Кенесары.

Географически фамилия встречается преимущественно в Казахстане и у казахов в приграничных регионах России (Оренбургская, Астраханская области). В русском написании встречаются варианты Кенесарин и Кенисарин; второй, с буквой «и», мог возникнуть под влиянием акающего произношения или при фиксации в документах XIX века. Социально это фамилия, указывающая на знатное происхождение, хотя в советское время она стала просто родовой, утратив сословную окраску.