Фамилия Кернажицкая — редкий случай, когда географический корень переплетается с польской или украинской словообразовательной моделью. В основе лежит топоним Кернажица или Кернажицы — так могло называться село или усадьба на территории бывшей Речи Посполитой (современные западная Украина, Беларусь или восточная Польша). Суффикс -ицк-/-ыцк- характерен для фамилий, образованных от названий мест на -ицы/-ыцы: владелец или уроженец такого места получал прозвание «Кернажицкий».

Корень «кернаж» затемнён. Вероятнее всего, он восходит к польскому или украинскому диалектному слову, связанному с глаголом «кернати» (резать, рубить) или «керма» (руль, кормило). В польских говорах «kiernasz» означало «ярмарка» или «торг», но для фамилии эта версия менее убедительна — суффикс -ицкий обычно привязывается к месту, а не к событию. Более правдоподобно, что Кернажица — это поселение, названное по имени первого поселенца с прозвищем Кернаж (возможно, от литовского «kernėti» — «черстветь, твердеть», что могло относиться к характеру).

Форма Кернажицкая — женский вариант от Кернажицкий, что указывает на дворянское или шляхетское происхождение. В польской традиции фамилии на -цкий (-ski) были привилегией знати, указывая на владение землёй. Однако в XIX веке такие фамилии могли получить и крестьяне при переписи, если их деревня носила похожее название. Мужской вариант мог писаться как Кернажицкий или Кернажицки, а в русской передаче ударение, скорее всего, падало на второй слог: Керна́жицкая.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Основные носители сосредоточены в западных областях Украины (Волынь, Ровенщина) и среди потомков эмигрантов в Польше. В России фамилия почти не фиксируется, что подтверждает её локальное происхождение.