Фамилия Керубин — редкий случай, когда исходное слово почти не изменилось. В её основе лежит библейское «херувим» — ангел, стоящий на высшей ступени небесной иерархии. Переход «херувим» в «Керубин» объясняется просто: в южнорусских и украинских говорах звук «х» перед гласной часто заменялся на «к» (как в фамилиях Коровин от Хоровин, Китрин от Хитров). Фактически, перед нами фонетический вариант церковнославянского слова, закрепившийся в фамилии.

Модель образования здесь нестандартна. Обычно фамилии от названий ангельских чинов образуются через суффиксы принадлежности: Херувимов, Серафимов. Керубин же сохраняет основу почти без изменений, что указывает на прямое прозвище. Такое могли дать человеку с ангельской внешностью, кротким нравом или, наоборот, в ироничном смысле — тому, кто вёл себя чересчур праведно. В среде духовенства прозвище могло закрепиться за певчим, исполнявшим херувимскую песнь на клиросе, или за семинаристом, получившим его от товарищей за благонравное поведение.

Поскольку фамилия не содержит типичного русского суффикса -ов/-ев, она могла сложиться в среде, где фамилии оформлялись без них — например, у украинского или белорусского казачества, в польской шляхте или в западнорусских духовных училищах. Встречаются единичные носители Керубина, но вариант без окончания -а встречается чаще именно в мужском варианте. Сравните с однокоренной фамилией Керувимов — она явно более поздняя, книжная, искусственная.

Найти Керубиных в дореволюционных метриках сложно: фамилия крайне редкая. В советское время её могли записывать с ошибками — через «е» (Керубин) или заменять на более привычные Кербиков, Керунов. Если вы носите эту фамилию, велика вероятность, что ваши предки происходят из южных губерний Российской империи или из Западной Украины, где «х» переходило в «к» особенно часто, а прозвища от церковных терминов бытовали в крестьянской и мещанской среде.