Фамилия Керубина — редкий пример, где за привычным русским окончанием -ин скрывается не отчество от мирского имени, а книжный, библейский корень. Вопреки ожиданию, основа здесь не женского рода, и фамилия образована не от прозвища «Керуба», а напрямую от слова «керубин» — одной из форм множественного числа древнееврейского «керуб».

Исходное слово «керуб» означало «бык». В древней Месопотамии керубов изображали как крылатых быков с человеческими головами — они охраняли входы в дворцы и храмы ассирийских и вавилонских царей. Древние евреи, знакомые с вавилонской культурой, заимствовали этот образ: в Библии херувимы сторожат дерево жизни, осеняют крыльями ковчег завета, а сам Бог изображается восседающим между ними. Множественное число «керубим» через греческое посредство превратилось в «херувим» — так суровый крылатый бык со временем стал нежным бесплотным ангелом, и только крылья напоминают о его вавилонском предке.

Именно от формы «керубин» (с вариантом «херувим») в католических странах — прежде всего в Испании и Италии — возникло личное имя Керубин. В русской традиции такое имя не прижилось, но фамилия Керубина могла появиться в семьях, где предка звали Керубином, или же как семинарская, «искусственная» фамилия, данная выпускнику духовного училища по библейскому образу.

Суффикс -ин в фамилии Керубина присоединён к основе, оканчивающейся на согласный, — это стандартная модель для русских фамилий, образованных от слов мужского рода (ср. Гагарин от «гагара», хотя слово женского рода). Исключение здесь только кажущееся: «керубин» — мужского рода, и фамилия строится по общему правилу, в отличие от случаев вроде Розов (от «роза»), где суффикс -ов стоит вопреки родовой принадлежности исходного слова.

Точно определить, когда и где именно предок получил фамилию Керубина, можно лишь на основании серьёзных генеаленических изысканий. Но её структура однозначно указывает: перед нами не бытовое прозвище, а след книжной культуры — имя, пришедшее из библейских текстов через европейскую традицию и адаптированное русским суффиксом.