Фамилия Кешубаев образована от тюркского прозвища Кешубай. В нём легко различаются две основы: «кешу» (в диалектах — «кеш», «киш», «кыш») и «бай». Первая часть восходит к тюркскому слову со значением «соболь», вторая — классический для тюркских имён компонент «бай», то есть «богатый, хозяин, господин». Буквально Кешубай — «богатый соболем». Прозвище могло указывать на род занятий: прародитель Кешубаевых, вероятно, промышлял пушниной, а соболиный мех в царской России ценился исключительно высоко.

Модель образования фамилии проста: к основе на -ай прибавили русский патронимический суффикс -ев, характерный для фамилий тюркского происхождения. Собственно, Кешубаевы — это «дети Кешубая».

Корни фамилии уходят в XV–XVII века, в среду выходцев из Золотой Орды — печенегов, половцев или более поздних тюркских народов. В родословных преданиях восточное происхождение Кешубаевых считается достоверным: имя родоначальника прямо указывает на тюркскую языковую среду. Проникновению таких фамилий в русский быт способствовало то, что многие дворяне в России были нерусского происхождения, однако утверждать, что Кешубаевы принадлежали к дворянству, без документальных подтверждений нельзя.

Стоит обратить внимание на редкость фамилии. В отличие от массовых Баймуратовых или Байбатыровых, вариант с «кешу» встречается заметно реже, что делает Кешубаевых более узкой и локальной ветвью в обширном массиве тюрко-русских фамилий. Фамилия — не просто бытовое прозвище, а памятник восточной письменности и культуры, сохранивший в себе название ценного зверя и социальный маркер достатка.