Фамилия Кейсенжер — редкий случай в русском ономастиконе. Скорее всего, она западного происхождения, и её носители в России — потомки переселенцев, а не исконно русский род. Основа фамилии легко читается: немецкое или голландское слово Kaiser (император, кесарь) и суффикс деятеля -er. В буквальном переводе Кейсенжер — «тот, кто служит императору» или «имперский человек».

По словообразовательной модели это типичная немецкая фамилия-прозвище, образованная от титула. В немецком языке фамилия Kaiser (Кайзер) широко распространена, а форма Keisenger или Kaisinger встречается реже и указывает не просто на прозвище «кесарь», а на принадлежность к императорскому двору, армии или администрации. Суффикс -er в таких фамилиях часто обозначал профессию или характеристику человека.

На русской почве фамилия могла подвергнуться вторичной адаптации: окончание -ер осталось без изменений, как в фамилиях Шнайдер, Фишер, Мюллер. Приставка Кейс- вместо Кайс- может быть следствием диалектного произношения (южнонемецкие говоры) или записи фамилии на слух при заселении в Российскую империю в XVIII–XIX веках.

Версия о еврейском происхождении фамилии маловероятна: хотя у ашкеназов встречается фамилия Кайзер (как прозвище от титула), форма Кейсенжер нехарактерна для еврейской ономастики, где чаще использовались окончания -ман, -берг, -штейн.

Таким образом, предки современных Кейсенжеров, скорее всего, были выходцами из немецкоязычных земель — ремесленниками, солдатами или чиновниками, служившими при дворе или в администрации. Фамилия сохранила память о связи с имперской властью, хотя в России её носители давно обрусели и утратили исходный социальный контекст.