Фамилия Хабинец образована от прозвища Хабинец, и в её основе лежит либо название села, либо глагол со значением «хватать». Разберём обе версии.

Первый вариант — географический. Прозвище Хабинец могли дать выходцу из села Хабино. Такие сёла встречаются в Ленинградской и Вологодской областях, и название у них, как ни странно, украинского корня. Слово «хаба» в некоторых диалектах означает «кляча», то есть плохая, изнурённая лошадь. Если следовать этой версии, предок носителя фамилии перебрался из Хабино в другое место, и земляки прозвали его по месту прежнего жительства — Хабинец. Такая модель типична для фамилий, которые фиксируют, откуда человек родом.

Вторая версия отсылает к глаголу «хабить», который В. Даль приводит в значении «хапать, хватать, захватывать, присваивать себе». В этом случае прозвище Хабинец получал человек ловкий и проворный, умеющий быстро схватить удачу или добычу. Правдоподобность обеих гипотез примерно равная, но стоит учесть: суффикс -ец в русских фамилиях чаще указывает именно на выходца с определённой территории (ср. Тамбовец, Казанец). Поэтому версия с селом Хабино выглядит чуть более убедительной, хотя и не исключает, что прозвище могло закрепиться за расторопным человеком.

Фамилия редкая, и её носители в основном сосредоточены в регионах, близких к северо-западу России, что косвенно подтверждает связь с ленинградскими и вологодскими Хабино. В документах фамилия встречается с XIX века, но широкого распространения не получила, сохранив свою локальную привязку.