Фамилия Хабуданиди — верный признак того, что предки её носителя жили в Грузии или имели оттуда корни. Окончание -идз (в русской передаче -идзе или -иди) — один из главных маркеров грузинских фамилий, особенно распространённый в западной части страны (Гурия, Имеретия, Аджария). Оно означает «сын» или «потомок», то есть Хабуданиди — буквально «сын Хабудана».

Сложнее с основой. Имя или прозвище Хабудан в современном грузинском языке не встречается, и это ставит перед исследователем несколько версий. Самая прямая гипотеза — что перед нами тюркское заимствование: в тюркских языках слово «хабудан» (или близкие формы) могло означать «сильный», «могучий», «богатырь». Грузия веками соседствовала с тюркскими народами, и такие имена-характеристики проникали в ономастикон. Если это так, то основатель рода Хабуданиди получил прозвище за физическую силу или воинскую доблесть.

Менее вероятна, но возможна связь с арабским «хабиб» (любимый, друг) через сложные фонетические переходы. Однако для этого нет прямых лингвистических подтверждений, а тюркская версия выглядит убедительнее из-за географической и исторической близости.

В XIX веке, при интеграции грузинских фамилий в российскую имперскую систему, окончание -идзе часто русифицировали, оставляя -иди или -идзе на письме. Форма Хабуданиди закрепилась именно в таком виде, без изменений, что указывает на относительно позднюю фиксацию фамилии в документах — скорее всего, уже после присоединения Грузии к России.

Сегодня фамилия Хабуданиди редкая. Её носители, вероятнее всего, потомки выходцев из Западной Грузии, и в их родословной — человек по прозвищу Хабудан, которого запомнили как сильного или воинственного.