Фамилия Хабудаева образована от мужского варианта Хабудаев и принадлежит к распространённому типу русских фамилий с суффиксом -ев. Этот суффикс присоединялся к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или на -й, и указывал на принадлежность: Хабудаев буквально означал «сын Хабудая» или «человек из рода Хабудая». Сама основа Хабудай — это, скорее всего, тюркское или кавказское личное имя, сложенное из двух частей. Первая часть, «хабу», может восходить к арабскому «хабиб» (любимый, друг) или к тюркскому «кабул» (принятие, согласие). Вторая часть, «дай», в тюркских языках часто означает «гора» или является суффиксальным элементом, образующим имена.

География фамилии Хабудаева указывает на её северокавказское происхождение. Наибольшая концентрация носителей зафиксирована в Чечне, Ингушетии и Дагестане, а также среди чеченской диаспоры в других регионах России. Это типичная патронимическая фамилия, которая закрепилась в русской официальной антропонимии в XIX — начале XX века, когда представители горских народов получали фамилии по отцу при переписях и оформлении документов. В отличие от русских фамилий, где суффикс -ев обычно присоединялся к христианским именам, здесь он адаптировал мусульманское или языческое имя к русской грамматической норме.

Поскольку фамилия редкая и не входит в массовые справочники, её этимология остаётся предметом реконструкции. Сословная принадлежность первых Хабудаевых, вероятно, была крестьянской или военно-служилой: многие чеченцы и ингуши в XIX веке несли службу в иррегулярных частях русской армии или занимались скотоводством и земледелием. Сведений о дворянских корнях или принадлежности к княжеским родам нет — фамилия типична для рядовых общинников.

Любопытная деталь: в чеченском языке слово «хаба» означает «известие», «весть». Если принять эту версию, то Хабудай мог быть прозвищем человека, который приносил новости, — гонца или вестника. Однако это лишь гипотеза, так как вторая часть «дай» в чеченском языке не имеет прямого значения «дающий», а скорее является формантом, характерным для вайнахских имён (например, Магомед-Дай). Таким образом, фамилия Хабудаева — это живой след сложных культурных контактов на Кавказе, где арабские, тюркские и местные корни переплелись в одном имени.