Фамилия Хабун — редкий случай, когда носитель фамилии, скорее всего, не русский, а её основа не славянская. В русском языке она выглядит как застывшая форма без типичных фамильных суффиксов (-ов, -ин, -ский). Это первый и главный ключ: Хабун — это не усечённое прозвище, а цельная основа, попавшая в русскую ономастику извне.

Самая вероятная версия — адыгское (черкесское) происхождение. У адыгов есть фамилия Хабун (Хьэбун), которая восходит к слову «хьэ» (собака, пёс) и «бун» или «бын» (семья, потомство). Таким образом, Хабун могло означать «собачье потомство» или «род собаки». В традиционном адыгском обществе такие «зооморфные» фамилии не были оскорбительными — они могли указывать на тотемное животное рода, на особенности внешности предка (например, густые брови, сросшиеся на переносице, как у собаки) или на его роль (сторож, пастух). Адыгская фамилия могла быть русифицирована при записи в метрики: адыгское окончание -у (Хьэбун) осталось без изменений, так как не требовало переделки под русский патронимический суффикс.

Вторая, менее распространённая версия — тюркская. В некоторых тюркских языках, например в кумыкском или ногайском, «хабун» или «кабун» может обозначать «куча», «груда» или «скопление». Прозвище могли дать полному или коренастому человеку, либо, в переносном смысле, «собравшему вокруг себя много людей» — например, старосте или зажиточному хозяину. Но эта версия слабее: в тюркских фамилиях такой корень почти не зафиксирован, а адыгская этимология подкрепляется реальным бытованием фамилии у черкесов и кабардинцев.

Географически фамилия Хабун встречается в основном на Северном Кавказе (Кабардино-Балкария, Карачаево-Черкесия) и в Краснодарском крае, что косвенно подтверждает адыгский след. В центральной России она — большая редкость, и если там встречается, то почти наверняка принадлежит потомкам переселенцев с Кавказа или их обрусевшим родственникам. Социальный состав носителей — от горских крестьян до советской интеллигенции, но без привязки к дворянству: в адыгском обществе фамилия не была маркером знатности.