Фамилия Хачукаева — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Она почти наверняка кавказского происхождения, а точнее — осетинского или ингушского. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий у народов Северного Кавказа, где к местной основе добавляли окончание, типичное для русских фамилий (как Барагунов, Дзагоев, Кодзоев). Основа «Хачук» — это, скорее всего, усеченная форма личного имени или прозвища.

В осетинском языке есть мужское имя Хачук, которое восходит к тюркскому «хач» (крест). Но здесь важнее другое: у осетин и ингушей фамилии с таким окончанием (‑ев) часто образовывали от имени отца или родоначальника. То есть Хачукаевы — это потомки человека по имени Хачук. Женская форма Хачукаева (с окончанием -а) указывает, что перед нами носительница фамилии, а не мужчина (мужской вариант — Хачукаев).

Версия, что корень связан с чеченским или ингушским словом «хача» (гость, странник), возможна, но лингвистически менее убедительна: суффикс -ук в именах на Кавказе встречается как уменьшительный, а не как часть корня. Скорее всего, имя Хачук — это краткая форма от более длинного имени (например, Хачукко или Хачука), и фамилия закрепилась в виде отчества.

Написание с буквой «у» после «ч» — характерная черта осетинской и ингушской передачи звуков через русскую графику. Встречается она в основном в Северной Осетии и Ингушетии, а также среди диаспоры в Ставропольском крае. Сословно Хачукаевы, вероятно, относились к свободным горцам, а не к княжеским родам: у осетин княжеские фамилии чаще оканчивались на -ты или -та (например, Алборты, Кануковы), а -ев — типичный маркер фамилий простого происхождения.

Из-за редкости фамилии в открытых источниках почти нет данных о её истории до XIX века. Но сам факт, что она сохранила исходную форму без изменений (не превратилась в Хачуков или Хачукин), говорит о том, что её носители жили компактно и не ассимилировались в русскоязычной среде.