Фамилия Хаджимаргаритова — редчайший случай в русской ономастике, где в одном слове сплелись арабский, греческий и славянский языковые пласты. Чтобы её разобрать, идём с конца. Суффикс -ов- указывает на русскую модель образования: так создавали притяжательные фамилии, отвечающие на вопрос «чей?». Значит, основу Хаджимаргарит- носил предок-мужчина, а его потомки стали Хаджимаргаритовыми.

Основа состоит из двух частей. Первая — «хаджи» (от арабского حاج — паломник). В исламе так называли мусульманина, совершившего хадж в Мекку. Но в Российской империи, особенно на Кавказе и в Закавказье, слово «хаджи» перекочевало и в христианскую среду: так могли величать паломника к святым местам в Иерусалим. Вторая часть — греческое имя Маргарита (Μαργαρίτης — жемчужина). В православных святцах это женское имя, но в греческой традиции существовала и мужская форма Маргарит (например, Маргарит из Кипра, преподобномученик). Впрочем, в фамилию могла попасть и женская основа — как прозвание по матери или жене.

Соединение «хаджи» с христианским именем даёт ключ к географии. Носители такой фамилии — почти наверняка греки или грекоязычные христиане, жившие в Османской империи или на юге России (Приазовье, Крым, Кубань). Там греки нередко принимали почётное прозвище «хаджи» за паломничество в Иерусалим, а затем оно сливалось с именем. Окончание -ова выдают, что фамилия принадлежит женщине или записана в женском роде (в русской традиции так фиксируют фамилии жён и дочерей). Мужской вариант — Хаджимаргаритов.

Редкость фамилии объясняется её составным характером: в русской среде такие длинные «гибриды» не образовывались массово. Скорее всего, предок был священником, купцом или состоятельным греком, который ходил в паломничество и получил уважительное «хаджи» в придачу к имени. В метрических книгах XIX века подобные фамилии встречаются у греческих колонистов Мариупольского уезда и у понтийских греков, переселившихся в Россию после русско-турецких войн. Если искать однокоренные, то в той же среде бытовали Хаджидимитров, Хаджигеоргиев, Хаджипетров — все по той же схеме: хаджи + греческое имя + русский суффикс.