Фамилия Хаганлы — редкий случай, когда корень слова почти не менялся при переходе в фамилию, а суффикс выдает конкретное географическое происхождение. В русском языке эта фамилия звучит как прилагательное, но на деле она образована по азербайджанской (или шире — тюркской) модели с суффиксом -лы, который указывает на принадлежность к местности или роду. То есть Хаганлы — это «человек из Хагана» или «относящийся к Хагану».

Основа «хаган» — древний тюркский титул, означавший верховного правителя, хана ханов. В разных тюркских языках слово звучало как «каган» или «хакан», и именно от него пошли многие фамилии и топонимы в Азербайджане, Турции и Средней Азии. Вероятнее всего, предок носителя фамилии либо жил в селе или местности под названием Хаган (такие топонимы встречаются, например, в Азербайджане), либо получил прозвище, отсылающее к власти или знатности — например, так могли назвать человека с гордой осанкой или того, кто служил при хане.

Суффикс -лы в азербайджанской ономастике — один из самых продуктивных. Он образует фамилии от названий сел, родовых общин и даже профессий. В русском языке такие фамилии часто не склоняются по падежам, хотя в бытовой речи их иногда подстраивают под привычные окончания. В отличие от русских фамилий на -ов или -ин, Хаганлы не указывает на отчество или прямое родство по отцу, а скорее фиксирует родовую или территориальную принадлежность.

Встречаемость фамилии очень низкая, в основном среди азербайджанцев и тюркоязычных народов Закавказья. В дореволюционных метриках и переписях такие фамилии почти не фиксировались — они стали массово оформляться только в советское время, когда паспортная система унифицировала запись. Поэтому точных сведений о сословной принадлежности предков нет, но можно предположить, что носители фамилии были сельскими жителями или выходцами из небольших родовых общин.

С точки зрения словообразования фамилия прозрачна: корень «хаган» (титул или топоним) плюс суффикс принадлежности -лы. Аналогов среди русских фамилий нет, но в тюркском мире есть параллели: Каганлы, Хаканлы — все они восходят к тому же древнему слову.