Фамилия Хахубиа — редкий пример фамилии, корни которой ведут не в русскую, а в грузинскую языковую среду. Её происхождение напрямую связано с грузинским словом «хахуби» (ხახუბი), которое означает «черемуха». Основа фамилии — не имя и не прозвище, а название дерева или кустарника, плоды которого хорошо известны на Кавказе.

Окончание -а (в грузинском написании -ია) — типичный для западной Грузии фамильный суффикс, особенно распространённый в Мегрелии и Гурии. Он образует фамилии от самых разных основ: от имён, профессий, растений и географических названий. В данном случае модель проста: к основе «хахуби» добавили суффикс принадлежности, и фамилия буквально значит «черемуховый» или «относящийся к черемухе». Такие «растительные» фамилии — не редкость в грузинской ономастике, ср. Маглакелидзе (от «маглаки» — ежевика) или Кверенчхиладзе (от «кверенчхи» — лесной орех).

Вероятнее всего, прозвище Хахубиа дали человеку, жившему в месте, где росло много черёмухи, либо тому, кто занимался сбором или продажей её ягод. В некоторых случаях фамилии от названий растений могли закрепляться за жителями определённых урочищ или хуторов — так называемые топонимические фамилии, указывающие на место рождения или проживания рода.

Написание фамилии кириллицей — Хахубиа — полностью соответствует грузинскому произношению. В русском языке она не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Хахубиа, к Ивану Хахубиа), и склоняется как обычное существительное, если принадлежит женщине (Анна Хахубиа, с Анной Хахубией).

Фамилия Хахубиа — не массовая, её носители сосредоточены в основном в Грузии и среди грузинской диаспоры. Встречается и вариант Хахубия — с ударением на второй слог, что связано с особенностями произношения в некоторых диалектах. В русском контексте фамилия не получила широкого распространения и сохранила исходную форму без адаптации через суффиксы -ов или -ев, что говорит о сравнительно позднем появлении её носителей в русскоязычной среде.