Фамилия Хахубия — одна из тех, что сразу выдают географию своего происхождения. Она грузинская, и её структура типична для западногрузинских, особенно мегрельских, фамилий. Ключевой элемент здесь — окончание -ия, которое в грузинской ономастике выполняет роль, схожую с русским суффиксом -ов: оно указывает на принадлежность или происхождение. В мегрельском языке этому соответствует окончание -иа (-ია), и фамилия Хахубия — это русифицированная или литературная форма именно такой исходной мегрельской фамилии.

Основа фамилии — Хаху-. Это, скорее всего, личное имя или прозвище. В грузинском языке есть слово «хахули» (ხახული), которое означает «сухой», «высохший», а также может относиться к чему-то хрупкому или ломкому. Вряд ли это прямое указание на физический недостаток — скорее, прозвище могли дать человеку сухощавого телосложения или с резким, «сухим» характером. Вторая версия, более правдоподобная для антропонимики: Хаху — это сокращённая форма от сложных грузинских имён, начинающихся на Хаху-, например, Хахута или Хахубери. Такие имена были распространены в средневековой Грузии, особенно в княжеских и дворянских родах.

Таким образом, фамилию Хахубия можно перевести как «принадлежащий Хаху» или «из рода Хаху». Суффикс -би- в данном случае — это не отдельный элемент, а часть адаптированной основы. В мегрельском варианте фамилия звучала бы как Хахуа (ხახუა) или Хахулиа (ხახულია), но через грузинское литературное оформление она получила окончание -ия, которое закрепилось в русской передаче.

Носители фамилии Хахубия — это, как правило, потомки выходцев из Мегрелии, исторической области на западе Грузии (регион Самегрело-Верхняя Сванетия). Встречается она и в Абхазии, что связано с давними миграциями мегрельского населения. Сословно это могли быть как крестьяне, так и представители мелкого дворянства (азнауры), поскольку прозвищные фамилии на -ия не дают однозначного указания на социальный статус. Сейчас фамилия редкая, и её обладатели в основном живут в Грузии, а также в диаспоре — в России, Греции и США.