Фамилия Хакимжонов — яркий пример того, как в одной русской записи соединились арабское имя, персидский компонент и славянский суффикс. Её основа — мужское имя Хакимжон, которое широко распространено в Узбекистане, Таджикистане и среди других народов Центральной Азии. Имя это составное: первая часть, «Хаким», восходит к арабскому корню со значением «мудрый», «судья», «врач» (отсюда же и русское слово «хаки́м» в значении «лекарь»). Вторая часть, «жон» (от персидского «джан»), означает «душа», «жизнь» или «дорогой». Таким образом, имя Хакимжон можно перевести как «мудрая душа» или «дорогой мудрец» — типичная для восточной антропонимии ласкательно-уважительная форма.

Суффикс «-ов» в конце фамилии — чисто русский, патронимический. Он указывает на принадлежность: «чей?» — Хакимжонов, то есть сын или потомок человека по имени Хакимжон. Такая модель образования фамилий характерна для многих народов бывшей Российской империи, когда при фиксации в документах (в метрических книгах, при переписях) к местным именам добавляли стандартный русский суффикс. Если бы фамилия сохранила национальную форму, она звучала бы как Хакимжонзода или Хакимжони. Выбор именно суффикса «-ов», а не, скажем, «-ев» или «-ин», объясняется тем, что основа оканчивается на твёрдый согласный «н».

Географически фамилия Хакимжонов почти целиком привязана к Узбекистану, особенно к Ферганской долине, Ташкентской и Самаркандской областям. В России и других странах СНГ она встречается в основном среди мигрантов или потомков выходцев из Средней Азии. Сословного значения у неё нет: это не княжеская и не дворянская фамилия, а типичная народная, возникшая в XIX — начале XX века, когда у оседлого населения Туркестана начали массово появляться фамилии по отцу.

Стоит заметить, что в русском языке фамилия пишется через «о» во втором слоге (ХакимжОнов), хотя в оригинале ударение падает на последний слог: ХакимжОн. Встречающиеся варианты написания — Хакимжанов, Хакимджонов — связаны с разной передачей звука «ж/дж» в русской транскрипции, но основной и самый частый вариант — именно Хакимжонов. Таким образом, носитель этой фамилии — потомок человека, которого в своём кругу называли «дорогой мудрец».