Фамилия Хаким — одна из тех, что пришли в русский обиход не из славянских корней, а из арабского мира, и потому её разбор требует другого подхода, чем привычные «Иванов» или «Кузнецов». В основе лежит арабское слово «хаким» (حكيم), которое значит «мудрец», «врач» или «судья». В классическом арабском у этого корня два основных смысловых гнезда: мудрость и врачевание. В доисламской поэзии «хаким» — это человек, обладающий знанием и рассудительностью, а в исламской традиции одно из имён Аллаха — Аль-Хаким (Мудрейший). Поэтому фамилия могла возникнуть как прозвище для знающего, рассудительного человека или для лекаря, но в тюркских языках, через которые она чаще всего проникала в Россию, слово «хаким» закрепилось именно за врачом.

Географически фамилия Хаким встречается в основном у народов Поволжья и Северного Кавказа — у татар, башкир, кумыков, а также у народов Средней Азии. В русском контексте она не получила суффиксального оформления вроде -ов или -ин, потому что была заимствована уже как готовая фамилия в XX веке, когда в СССР паспортизация фиксировала национальные фамилии без русификации. Раньше, в XVIII–XIX веках, у татарских мурз и башкирских старшин можно встретить форму Хакимов — с русским патронимическим суффиксом, но Хаким без суффикса — это более поздний, «советский» вариант, когда фамилию записывали в том виде, в каком её произносили.

Интересная деталь: в арабском языке слово «хаким» может писаться через букву «ха» (ح) или через «кяф» (ك), и в русской передаче это часто путают. Фамилия Хаким не имеет отношения к тюркскому слову «hakim» в значении «правитель» (например, в Османской империи так называли наместника) — там другой корень и другой звук. А вот фамилия Хакимов, наоборот, почти всегда восходит к арабскому «хаким» и означает «сын мудреца» или «сын врача».

Если сравнивать с однокоренными, то в России встречаются также фамилии Хакимуллин (татарская форма с аффиксом принадлежности -улла) и Хакимджанов (с персидским компонентом «джан» — душа). Но Хаким — это самый краткий и прямой вариант, без добавочных морфем. Носители этой фамилии в России — это чаще всего потомки людей, чьи предки были либо сельскими лекарями, либо уважаемыми старейшинами, но из-за отсутствия суффикса определить сословную принадлежность по фамилии невозможно: она могла принадлежать и мулле, и крестьянину, и купцу.