Фамилия Хакимулин образована от арабского имени Хаким (حكيم — «мудрый», «врач», «правитель») с помощью тюркского притяжательного суффикса -улы/-улын, который в русской записи превратился в -улин. В тюркских языках (особенно в татарском и башкирском) конструкция «Хаким улы» означает «сын Хакима» — то есть Хакимулин буквально переводится как «Хакимович». Это типичная модель для фамилий, которые складывались у волго-уральских народов в XIX — начале XX века, когда при переходе к паспортной системе отчества фиксировались как фамилии.

Основа Хаким в этой фамилии многозначна. В арабском корне ح ك م заложено значение «судить», «управлять», поэтому имя Хаким в исламской традиции несли как правители, так и врачи (слово «хаким» в тюркских языках закрепилось за лекарем). Первый носитель фамилии мог быть сыном человека по имени Хаким, а сам Хаким — либо уважаемым сельским знахарем, либо грамотным судьёй (кадием), либо просто человеком, получившим это имя при рождении в честь одного из 99 имён Аллаха (аль-Хаким — «Мудрый»).

Суффикс -улин ставит фамилию Хакимулин в один ряд с такими распространёнными татарскими фамилиями, как Абдуллин, Насыбуллин, Ибрагимулин. В русской записи этот суффикс иногда смешивают с русским патронимическим -ин, хотя происхождение у них разное: -ин в русских фамилиях идёт от древнерусских кратких прилагательных, а -улин — от тюркского родительного падежа с показателем принадлежности. На письме встречаются варианты Хакимуллин (с двойной Л) — в татарском языке звук [л] в конце суффикса обычно удваивается, но при русификации фамилия часто теряла одну букву.

Географически фамилия Хакимулин привязана к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям — регионам расселения татар и башкир. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках эта фамилия встречается среди крестьян и мещан, реже — среди торговцев. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что типично для поздних тюркских фамилий, оформленных уже в XIX веке.

В этимологическом словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» Хакимулин не разбирается отдельно, но модель с суффиксом -улин описана как характерная для татарских фамилий, вошедших в русский обиход. Споров о происхождении здесь нет: арабское имя плюс тюркский патроним — самая прозрачная и достоверная версия.