Фамилия Хакимуллин — яркий пример того, как арабское по происхождению имя прижилось в тюркской среде и обросло русским патронимическим суффиксом. Основа здесь — мусульманское мужское имя Хакимулла, что в переводе с арабского означает «мудрый Аллаха» или «мудрость Всевышнего» (от «хаким» — мудрый, и «Аллах» — Бог). Это теофорное имя, то есть включающее имя Бога, — распространённый тип в исламской ономастике.

Фамилия образовалась по стандартной для татар, башкир и других тюркских народов модели: к основе Хакимулла добавили русский суффикс -ин, который в этой среде выполняет роль патронимического показателя. В русском языке суффикс -ин обычно указывает на принадлежность («чей?»), а в тюркских фамилиях он закрепился как знак фамильного имени. Удвоенная «л» в конце основы — результат адаптации: в оригинале имя оканчивается на долгий звук, который на письме передали двумя буквами. Так появилось привычное окончание -уллин, характерное для многих татарских фамилий (например, Абдуллин, Гайнуллин).

Носитель фамилии Хакимуллин — потомок человека по имени Хакимулла. В крестьянской и духовной среде Поволжья и Приуралья это имя давали в честь одного из эпитетов Аллаха, подчёркивая религиозность семьи. Предки современных Хакимуллиных могли быть муллами, учителями при медресе или просто уважаемыми старейшинами, чья мудрость ценилась в общине. Встречается фамилия и среди татар-мишарей, и у башкир, причём в башкирском языке возможно произношение с ударением на второй слог.

Словообразовательно фамилия проста: корень «хаким» (мудрый, врач, правитель) + теофорный элемент «улла» + патронимический суффикс -ин. Интересно, что в русской среде фамилию могли искажать — например, записывать как Хакимулин (с одной «л»), но в официальных документах чаще встречается именно двойная согласная, так как она отражает структуру арабского имени.