Фамилия Хакимулина образована от мужского имени Хакимулла, которое в свою очередь состоит из двух арабских корней: «хаким» (мудрый, судья, правитель) и «улла» (Аллах). В буквальном переводе это имя означает «мудрость Аллаха» или «судья Аллаха». Такие составные имена с компонентом «улла» (Абдулла, Гайнулла, Хабибулла) были широко распространены у татар, башкир и других тюрко-мусульманских народов Поволжья и Приуралья. Женская форма Хакимулина — это не самостоятельная фамилия, а вариант фамилии Хакимулин, закрепившийся за женщинами в паспортной системе. В русском обиходе фамилии на -ин склоняются по мужскому и женскому роду: Хакимулин и Хакимулина.

Основа фамилии — не просто имя, а его адаптированная к русской грамматике форма: к основе Хакимулл- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — Хакимуллин, то есть сын Хакимуллы). Однако в написании произошло упрощение: двойная «л» в корне имени (Хакимулла) при переходе в фамилию часто сокращается до одной — Хакимулин. Это типичное явление для тюркских фамилий, оканчивающихся на -уллин/-улин. Встречаются и варианты с сохранением двойной буквы: Хакимуллин, Хакимуллина. На слух они неразличимы, но в документах закрепляется какой-то один вариант.

Географически фамилия Хакимулина чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, а также в Оренбургской и Челябинской областях — регионах, где исторически жили татары и башкиры. Носители этой фамилии в большинстве своём происходят из крестьянской или мещанской среды. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Социальный статус предков был невысок: они могли быть муллами, учителями при мечетях, ремесленниками или земледельцами. Само имя Хакимулла подразумевало уважение к знаниям и справедливости, так что не исключено, что основатель рода был грамотным человеком, возможно, сельским судьёй или религиозным наставником.

В отличие от многих русских фамилий, где суффикс -ин указывает на прямое родство с отцом, в татарской традиции фамилия на -ин может быть образована и от прозвища, и от имени деда. Поэтому Хакимулина — это фамилия, которая прямо говорит о мусульманском именослове и о том, что предок нёс имя, прославляющее божественную мудрость.