Фамилия Хакомова — редкий случай, когда географический и языковой след почти наверняка указывает на конкретный регион происхождения. Скорее всего, это русифицированная форма фамилии, корни которой ведут на Северный Кавказ, в среду адыгских народов (адыгейцев, кабардинцев, черкесов). Основа «Хаком» или «Хъакъом» в адыгских языках может восходить к личному имени или прозвищу, которое, в свою очередь, связано с обозначением пастуха, охранителя скота, или с родовым именем.

Суффикс «-ов/-ова» здесь не исконный, а служебный — он появился при интеграции фамилии в русскую паспортную систему в XIX–XX веках. Без этого суффикса фамилия звучит как Хаком, что типично для адыгских фамилий, оканчивающихся на согласный. Женская форма Хакомова, соответственно, образована по русской грамматической модели, а мужская — Хакомов.

Внутри адыгской традиции фамилии часто образовывались от имени предка-родоначальника или от его профессионального прозвища. Если верна версия о связи с пастушеством (от адыгского «хъак1уэ» — пастух), то предок носителя фамилии мог быть скотоводом, чабаном. Вторая версия — связь с именем Хаком, которое могло быть вариантом мусульманского имени Хаким (мудрый, судья), адаптированным под местное произношение.

Встречаемость фамилии в России крайне низкая. Её можно найти в Краснодарском крае, Адыгее, Кабардино-Балкарии, а также в среде потомков черкесской диаспоры, которая после Кавказской войны оказалась в Турции, Сирии и Иордании. В русском написании возможны варианты через «о» (Хокомова), но форма «Хакомова» более устойчива, поскольку точнее передаёт адыгское произношение с твёрдым звуком «хъ».

С точки зрения словообразования, это не отчество от крестильного имени, а именно фамилия-прозвище, перешедшая в наследственный статус. Дворянского или княжеского происхождения у неё, скорее всего, нет — это фамилия свободных общинников или узденей (сословие воинов и земледельцев у адыгов).