Фамилия Халбутаева — редкий случай, когда географический ключ к происхождению лежит почти на поверхности, но требует лингвистической оговорки. Её основа — имя или прозвище Халбута — почти наверняка ведёт в тюркскую языковую среду, скорее всего на Северный Кавказ или в Поволжье. Женская форма на -а указывает на то, что исходная мужская фамилия — Халбутаев, а суффикс -ев (а не -ов) типичен для фамилий, образованных от основ, оканчивающихся на мягкий согласный, шипящий или «ц». В данном случае основа «Халбут» заканчивается на твёрдый «т», но суффикс -ев мог закрепиться под влиянием местных произносительных норм или из-за того, что в исходном имени конечный звук воспринимался как мягкий (например, в кумыкском или ногайском языках).

Само имя Халбута, скорее всего, составное. Первая часть «хал» восходит к арабскому «халь» (дядя по матери) или к тюркскому «хал» (положение, состояние, сила). Вторая часть «бута» — распространённый тюркский компонент, означающий «верблюжонок» или, в переносном смысле, «крепкий, выносливый». Таким образом, имя могло означать «крепкий, как верблюжонок» или «дядя-верблюжонок» (ласкательное прозвище). Есть и другая версия: «халбута» — искажённое арабское «хальфа» (преемник, заместитель), которое в тюркских диалектах могло перейти в «халбута». Однако первая версия выглядит убедительнее, так как составные имена с компонентом «бута» (Бута, Бутай, Халбута) хорошо известны в ономастиконе кумыков, ногайцев и части чеченцев.

Социальная история фамилии типична для региона: предки Халбутаевых, скорее всего, были свободными общинниками или узденями (в сословной иерархии горских народов — незнатное, но лично свободное сословие). Фамилия не несёт следов княжеского или духовного происхождения, но и не указывает на рабское положение. Носители фамилии сегодня встречаются преимущественно в Дагестане и Чечне, реже — в Ставропольском крае. Из-за редкости фамилии её носители, вероятно, восходят к одному роду, а не к нескольким независимым очагам.