Фамилия Халдояниди — яркий пример греческой фамилии, которая сохранила свою национальную огласовку и суффикс, непривычный для русского уха. Её основа — личное имя или прозвище, а окончание -иди (или -ди) прямо указывает на происхождение: в греческой ономастике суффикс -ίδης (-idis) означал «сын» или «потомок», то есть Халдояниди — буквально «сын Халдояна».

Ключ к пониманию фамилии — в корне «Халдо-». Самая вероятная версия связывает его с топонимом Халдия (Χαλδία) — исторической областью на северо-востоке Малой Азии, на южном побережье Чёрного моря. Жителей этой области называли халдами или халдоями (греч. Χάλδοι). Соответственно, Халдоян — это человек родом из Халдии или тот, кого прозвали «халдоем» по месту жительства. Встречается также мнение, что корень восходит к греческому слову «халкос» (медь), но для фамилии это менее убедительно: прозвище «медный» скорее дали бы кузнецу, а суффикс -ян в таком случае был бы вторичным.

Фамилия Халдояниди — типично понтийская. Греки-понтийцы, переселившиеся из Малой Азии на территорию Российской империи и СССР в XIX–XX веках, часто сохраняли фамилии с окончанием -иди. В русском языке написание закрепилось как Халдояниди (реже — Халдоянидис), ударение обычно падает на последний слог. Носители этой фамилии встречаются в Краснодарском крае, Ставрополье, Ростовской области и в Греции. Других, более древних или славянских, версий происхождения у неё нет.