Фамилия Халипкин образована от прозвища или нецерковного имени Халипка, которое, вероятнее всего, восходит к древнерусскому глаголу «халить» — пачкать, марать, портить. В говорах «халить» также означало «лениться», «небрежно делать дело». Соответственно, Халипкой могли прозвать неаккуратного, неряшливого человека или, напротив, того, кто отличался медлительностью и нерадивостью. Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ин присоединялся к основам на -а, -я, указывая на принадлежность («чей сын?» — Халипкин, то есть сын Халипки).

Менее убедительна, но возможна связь с диалектным словом «халипа» — так в некоторых регионах называли оборванца, бедняка. В этом случае прозвище носило социальный оттенок и указывало на невысокое положение предка. Встречается и версия о заимствовании из тюркских языков, где «халип» может означать «творец» или «создатель», но она кажется натянутой: русская фамилия с суффиксом -ин и мягким звучанием «пка» куда органичнее выводится из славянской лексики.

Географически фамилия Халипкин редкая и тяготеет к центральным и южным областям России. Встречается в Воронежской, Тамбовской и Липецкой областях — зоне бытования южнорусских говоров, где слово «халить» было в ходу. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, так как фамилии на -ин в этой среде формировались массово в XVII–XIX веках.

Примечательно, что однокоренные фамилии — Халин, Халимов — имеют другое происхождение (от имени Халим или от слова «халить»), а вот Халипкин стоит особняком благодаря редкой основе с суффиксом -к-, который придавал прозвищу уменьшительно-уничижительный оттенок. Это указывает на то, что прозвище, скорее всего, было не ласкательным, а насмешливым.