Фамилия Халюшков — это фонетический вариант более распространенной фамилии Холюшков. Разница в написании — результат «аканья», то есть произношения безударной «о» как «а», которое закрепилось в документах. Поэтому в основе обеих фамилий лежит одно и то же мирское имя — Холюшко.

Мирские имена, не связанные с церковным календарем, были обычным делом на Руси. Имя Холюшко образовали с помощью уменьшительно-ласкательного суффикса -ушк- от основы «хол-». Этимологически оно восходит к глаголу «холить». Словарь Владимира Даля трактует его как «ухаживать, нежить, баловать», а также «убирать, держать в чистоте».

Скорее всего, Холюшком называли не ребенка, а взрослого человека, и тогда это уже не имя, а прозвище. Так могли сказать о хозяйственном, чистоплотном и аккуратном мужике, который любит порядок и следит за собой и своим двором. В этом случае прозвище точно подмечало главную черту характера основателя рода. Возможно также, что имя давали как пожелание — чтобы ребенок рос холеным и ухоженным.

Дальше словообразовательная цепочка проста: от прозвища Холюшко возникло притяжательное прилагательное «Холюшков», которое отвечало на вопрос «чей?» и означало «сын Холюшка». Со временем эта форма застыла и превратилась в фамилию. А в написании Халюшков, как уже сказано, отразилось простонародное произношение, которое перенесли в официальные бумаги. Так потомки человека с прозвищем Холюшко стали Халюшковыми.