Фамилия Холюшков образована от прозвища или неканонического имени Холюшко, а то, в свою очередь, — от глагола «холить», то есть заботливо ухаживать, лелеять, нежить. Основа прозвища — не корень, а именно глагольная форма, что встречается реже, чем отчества от крестильных имён. Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую модель: Холюшков буквально значит «сын Холюшка», а Холюшко — человек, которого так прозвали за характер или привычки.

В русских говорах слово «холя» означало не только заботу, но и довольство, сытую жизнь. Прозвище Холюшко могли дать изнеженному человеку, баловню, либо, наоборот, тому, кто сам любил холить и ухаживать — за скотом, садом или домочадцами. Второй вариант правдоподобнее: прозвища часто давались по роду занятий или заметной черте, а не по осуждению. В ономастике известны фамилии Холкин, Холин, Холяев — все они от той же основы, но Холюшков выделяется уменьшительно-ласкательным суффиксом -юшк-.

С географической точки зрения фамилия редкая и не имеет ярко выраженного ареала. По данным переписей и архивов, Холюшковы встречались в центральных губерниях России, но массово нигде не селились. Это характерно для фамилий, возникших от прозвищ, а не от распространённых имён: они остаются локальными и малочисленными. Сословная принадлежность предков, скорее всего, крестьянская или мещанская, поскольку дворянские роды с такой фамилией не фиксируются в родословных книгах.

Спорных версий происхождения у Холюшкова немного. Можно было бы предположить связь с диалектным «холюшка» — ласковое обращение к ребёнку, но это лишь уточняет, а не меняет суть. Фамилия прозрачна по смыслу и не требует сложных этимологических реконструкций: перед нами типичный случай, когда прозвище, данное по бытовой черте, закрепилось в патрониме и дошло до наших дней.