Основой фамилии Холюшкина послужило мирское имя Холюшка. Мирское имя Холюшка, скорее всего, образовано от русского глагола «холить». Даля оно трактуется как «ухаживать, нежить, баловать», «убирать, держать в чистоте». Не исключено также, что фамилия Холюшкина происходит от прозвища Холюшка. Исходя из этого, можно предположить, что основатель рода Холюшкиных был хозяйственным, чистоплотным, аккуратным человеком. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Холюшка, со временем получил фамилию Холюшкина.