Фамилия Хамниганов образована от прозвища Хамниган, которое указывало на этническую принадлежность предка. Хамниганы — субэтническая народность в составе монголов (Хэнтэйский и Восточный аймаки Монголии) и бурят (Бурятия и Читинская область). Хамниганы — потомки эвенков, которые в начале XVII века переселялись из территории Северного Забайкалья в долины рек Селенга и Онон, где подверглись влиянию со стороны бурят и их соседей — монгольского племени сартулов. В течение XVII — XVIII веков хамниганы кочевали по территории Монголии. После установления в 1727 году русско-китайской границы они оказались в местах их нынешнего расселения: одна группа на территории Монголии, другая — в Южном Забайкалье.