Фамилия Хамтоху — редкий случай в русском ономастиконе, и её разговор стоит начать не с корня, а с окончания. Типичные русские фамильные суффиксы (-ов, -ев, -ин, -ский) здесь отсутствуют. Основа «Хамтоху» застыла в той форме, в которой её зафиксировали в документах. Скорее всего, перед нами фамилия, адаптированная из другого языка, где слово не меняло окончание при переносе в русскую среду. Такое часто происходило с фамилиями народов Кавказа, тюркских групп или греков Приазовья.

Самая вероятная версия происхождения — адыгская (черкесская). В адыгских языках фамилии часто оканчиваются на «-ху» (пхъу, фы), что означает «сын» или «рождённый от». Первая часть «Хамто» может восходить к личному имени или прозвищу. В адыгской антропонимике «Хьэмт» (Хэмт) — вариант имени, связанного с понятием «счастливый», «благополучный». Таким образом, Хамтоху — «сын Хамта» или «рождённый от Хамта». Это типичная патронимическая модель для черкесских фамилий, где суффикс «-ху» выполняет ту же роль, что русское «-ович» или «-ов».

Менее обоснованная, но встречающаяся гипотеза связывает фамилию с тюркскими корнями. В некоторых тюркских языках «хам» может означать «шаман» или «колдун», а «тоху» — «рождать» или «ставить». Однако такая конструкция нехарактерна для тюркского словообразования фамилий, и адыгская версия выглядит убедительнее из-за массовости подобных моделей на Северо-Западном Кавказе.

Носители фамилии Хамтоху в России концентрируются в Краснодарском крае и Адыгее — на исторической территории черкесов. Встречается она и в среде адыгской диаспоры за рубежом (Турция, Сирия, Иордания), куда потомки черкесских мухаджиров переселились в XIX веке. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла записываться как «Хамтохъу» или «Хамтохов» — последний вариант пытался вписать её в привычную русскую схему, но не прижился.

Социальный статус предков, судя по адыгскому происхождению, мог быть разным: от княжеских родов до свободных общинников, так как патронимическая модель «-ху» не указывает на сословие, а лишь на родство. Точных сведений о древности фамилии нет, но, как и большинство адыгских фамилий, она сложилась не позднее XVI–XVII веков. Сегодня Хамтоху — фамилия, которая ясно говорит о кавказских корнях своего носителя, сохранив в неприкосновенности звучание языка предков.