Фамилия Хандкарова — редкий случай, где основа и суффикс происходят из разных языковых систем. Суффикс -ов (в женском роде -ова) — типично русский, указывающий на принадлежность («чей?»: сын или дочь Хандкара). А вот корень «Хандкар» — скорее всего, тюркский или персидский. В тюркских языках слово «хан» (правитель, князь) соединяется с «кар» (дело, работа, занятие). «Хандкар» могло означать «тот, кто служит хану», «ханский работник» или «человек, выполняющий ханские поручения». В персидском «кар» — тоже «делающий», и «ханкар» — буквально «делающий хана», то есть человек, который организует власть или управляет от имени хана.

Фамилия образована по модели, когда прозвище или именование по занятию (Хандкар) превратилось в родовое имя с помощью русского суффикса. Это типично для народов Поволжья, Урала и Кавказа, где в XIX–XX веках фиксировали фамилии по отцу или прозвищу, добавляя русские окончания. Хандкаровы могли быть из татарской, башкирской или азербайджанской среды — регионов, где титул «хан» был распространён, а суффикс -ов адаптировал фамилию для документов.

Написание с буквой «д» перед «к» — необычная деталь. В тюркских языках на стыке корней часто происходит озвончение: «хан» + «кар» даёт «хангар» или «хандкар». В русской записи звук [г] или [д] мог передаваться по-разному. Вариант «Хандкаров» встречается реже, чем «Ханкаров» или «Хангаров», что делает эту форму ценной для генеалогии: она указывает на конкретный диалект или запись в конкретной волости.

Сословно предки, скорее всего, были не знатными ханами, а людьми, которые имели отношение к ханской администрации или хозяйству — управляющие, писцы, сборщики податей. Фамилия не дворянская, а народная, возникшая в среде крестьян или ремесленников, получивших фамилию при переписях. Других версий, кроме тюрко-персидской основы, нет — славянского корня «хандка» не существует, а попытки связать с немецким «Hand» (рука) лишены исторической основы.