Фамилия Хандусенко — украинская по своей модели, что сразу видно по суффиксу -енко. В украинской ономастике это самый распространённый формант, означающий «сын» или «потомок»: Хандусенко — буквально «сын Хандуся». Но что скрывается за этим именем Хандусь? Тут есть несколько версий, и ни одна не лежит на поверхности.

Основа «Хандус» — это, скорее всего, уменьшительно-ласкательная форма от имени Хандо. А Хандо, в свою очередь, могло быть народной версией крестильного имени Феодор (Фёдор) через его просторечные варианты Хведор, Ходор, Хандор. Украинское произношение часто смягчало и укорачивало звуки: Хандор → Хандо → Хандусь. Таким образом, Хандусенко может означать «внук Фёдора». Подобные переходы (Фёдор → Хведор → Хандо) зафиксированы в исторических записях украинских земель.

Вторая версия — тюркская. Слово «хан» (правитель) в украинских степях было хорошо известно, и прозвище Хандусь могло получить человек, который служил у хана или просто обладал властным, гордым нравом. Однако суффикс -ус (-усь) в украинском языке чаще образует именно уменьшительные формы имён (Иванусь, Петрусь), чем прозвища от нарицательных слов. Поэтому версия с Фёдором выглядит логичнее и распространённее.

Фамилия Хандусенко — редкая. Встречается она почти исключительно на Украине, особенно в центральных и восточных областях (Черкасская, Полтавская, Днепропетровская), а также в русскоязычных регионах, куда переселялись украинцы. Носители фамилии — потомки казаков или крестьян, потому что именно в этих сословиях в XVII–XVIII веках активно закреплялись фамилии на -енко.

Если сравнивать с однокоренными, то в русском языке есть фамилия Хандошкин (от того же Хандо), а в украинском — Хандюк (с суффиксом -юк). Но Хандусенко стоит особняком: редкое сочетание корня и суффикса делает её узнаваемой и не даёт спутать с более массовыми Харченко или Хоменко.