Фамилия Ханефеева — женская форма, а мужская — Ханефеев. Она тюркского происхождения и встречается преимущественно у народов Поволжья и Урала: у татар, башкир, реже у казахов. Основа фамилии — мужское имя Ханефей (Ханифей, Ханифа), которое восходит к арабскому «ханиф» — «правоверный», «истинно верующий» (в исламском контексте так называли человека, исповедующего единобожие ещё до пророка Мухаммеда). Таким образом, фамилия буквально означает «потомок Ханефея».

Обратите внимание на суффикс -еев. В русских фамилиях стандартный суффикс притяжательности — -ев, но в тюркских фамилиях, адаптированных через русскую письменность, часто появляется -еев или -иев. Здесь он указывает на происхождение от отца: Ханефей → Ханефеев (сын Ханефея). Это отличает фамилию от более частых русских форм на -ов/-ев, где основа обычно оканчивается на твёрдый или мягкий согласный: Ханефеев стоит как бы между двух систем — арабское имя, тюркское бытование, русское оформление.

Географически фамилия привязана к регионам, где ислам стал традиционной религией ещё в домонгольский период. Носители фамилии — потомки крещёных или оставшихся в исламе татарских и башкирских родов. Встречаются варианты написания: Ханифеев, Ханефьев, но Ханефеева — самый распространённый. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и купцами или духовными лицами — точных данных нет, но имя Ханиф в среде имамов и мулл встречалось чаще, чем в крестьянской среде.

Любопытная деталь: в отличие от многих фамилий на -ов/-ев, которые в русском языке почти всегда ударны на первый слог (Иванов, Петров), в Ханефеевой ударение плавающее: в татарском произношении оно падает на последний слог (Ханефе́ева), а в русском — часто на второй (Хане́феева). Это создаёт путаницу при заполнении документов, но для этимолога как раз указывает на живой переход имени из одной языковой среды в другую.