Фамилия Ханафеева — женская форма фамилии Ханафеев, и её разбор стоит начать с мужского варианта, потому что именно он хранит ключ к происхождению. Основа фамилии — арабское мужское имя Ханафи (Ханафей в русской передаче). В исламской традиции «ханафи» означает последователя ханафитского мазхаба — одной из четырёх правовых школ суннитского ислама, основанной имамом Абу Ханифой. Таким образом, прозвище или имя Ханафи давали человеку, который принадлежал к этому толку или чтил его основателя. Суффикс -ев указывает на модель образования русских фамилий от основ на мягкий согласный: Ханафей → Ханафеев, буквально «сын Ханафея».

Фамилия Ханафеева — яркий пример тюрко-татарской ономастики, адаптированной к русской словообразовательной системе. Она распространена прежде всего среди татар и башкир, а также в среде других народов Поволжья и Урала, исповедующих ислам. Встречается и в кавказском регионе, где арабские имена также прижились через исламизацию. Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям.

В отличие от многих фамилий, образованных от бытовых прозвищ или ремёсел, Ханафеева имеет чёткую религиозно-идеологическую привязку. Предок носителя этой фамилии, вероятно, был не просто мусульманином, а человеком, сведущим в богословии, или же его так прозвали за строгое следование ханафитскому праву. Это редкий случай, когда фамилия напрямую отсылает к школе фикха, а не к личному имени из Корана.

В документах фамилия встречается с XIX века, когда у татар и башкир начали массово закрепляться наследственные фамилии по русскому образцу. Вариант Ханафеев/Ханафеева не следует путать с однокоренными Ханафин, Ханафиев — последние могли возникнуть в среде, где имя Ханафи давали без адаптации окончания.