Фамилия Ханафеев — один из тех случаев, когда за русским суффиксом стоит нерусское имя, а точнее — арабское. Основа здесь — Ханафи, мужское личное имя, восходящее к арабскому «ханиф» (حَنِيف). В исламской традиции ханиф — это «правоверный», «истинно верующий», человек, придерживающийся единобожия, ещё до разделения религии на течения. В более широком смысле слово означало «склонный к истине», «прямой», что и стало именем.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Ханафи добавили притяжательный суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Получается буквально «сын Ханафи» или «принадлежащий Ханафи». Такая схема — тюркское или кавказское имя плюс русский суффикс — типична для фамилий, возникших в среде поволжских татар, башкир или народов Северного Кавказа, которые в XIX–XX веках активно входили в общероссийскую сословную систему.

Интересно, что имя Ханафи (Ханаф) встречается не только у мусульман, но и как компонент сложных арабо-тюркских имён. Встречается вариант написания Ханафиев — с сохранением конечного «и» в основе, что выдает более позднюю или более «книжную» фиксацию. Фамилия Ханафеев с «е» в суффиксе — результат оглушения и редукции гласного в живой речи, когда «Ханафиев» стали произносить как «Ханафеев», а потом и писать.

Скорее всего, предок носителя этой фамилии был человеком, которого назвали в честь религиозной добродетели — правоверия, честности. Сословно это могли быть крестьяне или мещане из татарских или башкирских селений. Встречаемость фамилии невысокая, она сосредоточена в основном в Татарстане, Башкортостане и соседних регионах.