Фамилия Ханаев происходит от имени Ханай. Оно восходит к древнетюркскому существительному «хан», которое означает «князь». Именование «хан» использовалось для обозначения высокопоставленных людей. Вероятно, родители дали ребенку имя Ханай, желая ему ханской власти и богатства. Таким образом, потомок человека, которого звали Ханай, со временем получил фамилию Ханаев. Среди известных однофамильцев можно назвать певца и народного артиста СССР Никандра Сергеевича Ханаева, а также актрису и народную артистку СССР Евгению Никандровну Ханаеву.