Фамилия Хананьев звучит для современного уха непривычно, но за ней стоит простое и древнее личное имя. В основе лежит каноническое имя Ананий, которое пришло на Русь вместе с христианством из древнееврейского языка. В переводе оно означает «Бог милостив» или «благодать Божия». В народной среде это имя быстро адаптировалось, и начальный звук «а» под влиянием акающих говоров часто переходил в «о», а затем и в «х» — так появились формы Онаний и Хананий. От этих обиходных вариантов и пошла фамилия.

Однако это не единственная версия. Некоторые исследователи допускают, что в основе могло лежать не церковное имя, а прозвище Ханань, данное человеку по каким-то внешним или поведенческим чертам. В народной этимологии оно могло сближаться со словом «хан» или с глаголом «ханать» (хватать, брать), но эти объяснения выглядят вторичными и менее убедительными. Правдоподобнее всё же возводить фамилию к имени Ананий, которое было широко распространено среди крестьян и духовенства.

Модель образования типична для русских фамилий: к основе, оканчивающейся на мягкий согласный, добавили патронимический суффикс -ев. Такой суффикс указывает на отчество: Хананьев буквально означает «сын Хананья». Это же словообразовательное правило действует и для множества других русских фамилий, например, Ананьев, Ананьин, Оханов.

Интересно, что именования, образованные по той же модели, что и фамилия Хананьев, широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян. У поляков есть аналогичная фамилия Ананевич, у белорусов — Ананьев, у украинцев — Ананієнко. Это лишний раз подтверждает, что славянские фамилии возникали от личного прозвища или от имени (христианского или языческого), и единый корень дал начало множеству родственных фамилий по всему славянскому миру.

В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с именем Хананька — это уменьшительная форма, которая также могла стать основой для фамилии. Сословная принадлежность первых носителей, скорее всего, была крестьянской или мещанской: фамилии на -ев в массе своей закрепились именно за непривилегированными слоями населения после отмены крепостного права.

Сегодня фамилия Хананьев встречается редко, преимущественно в центральной России и Поволжье. Она не имеет отношения к восточным титулам, несмотря на созвучие с «ханом», и сохранила память о библейском имени, которое почти вышло из употребления в XX веке.